管理＞データベースで照合に使いたいフィールドのオプションで、
入力値の制限＞必要条件のユニークな値にチェックを入れた上で、
このフィールドの入力値を制限するを「常時」にしてください。

これでインポート時にフィールドオプションONにすると照合フィールドにすでに値がある場合は弾いてくれます。
ただこの場合は複合での照合ができませんので、
照合項目が複数ある場合は、連結したフィールドを作成してそちらで照合するようにしています。