データ復旧のアプリを使ったことがあるのは遙か昔ですから、今は助言できることがありません。すいません。検索などして良さそうなのを見つけてください（Data Rescue とか他にいくつか使ったことがあったような）

復旧をお考えなら、復旧するボリュームをなるべく触らないようにしてください。可能なら、外付けに起動ディスクを作ってそっちで起動しておくのが良いです。というか、もし本気なら今すぐ使用を停止しないと、使えば使うほど、内部で上書きされていき、復旧の可能性が閉ざされてしまいます。お気を付けて！

コメントいただきありがとうございます。
マスターファイルには問題が無いという事を聞いてほっとしましたが
やはりファイル自体を消去して無くなってしまったことをどうしようか考えています。
お薦めのデータ復旧ユーティリティは何かございますか？

ゴミ箱に入れて消去・・・それは
もしTimeMachineをお使いなら、戻しておくことをお勧めしたいのですが。
TimeMachineがなければ、削除したデータを復旧させるようなユーティリティを試すのもありかもしれません。

元の画像（マスター）には問題がなくて、Apertureが生成するプレビューとサムネイルに問題が発生したと思います。
El Capitan や Aperture が知らないタイプのRAWファイルやQuickTimeの対応から外されたタイプで問題が起きるかもしれません。

うちだと、一部のpsdファイルとTIFFファイル、グレースケールファイル、PENTAX独自のRAWファイル、多くのムービーファイルで「未対応」と出たり、壊れたプレビューになったことがあります。

いずれにしても、マスターファイルには問題ありません。Aperture Library ファイルのコンテキストメニューで「パッケージの内容を表示」にして、中のフォルダを探っていくと Masters にマスターファイルがあります。中を確認すると問題ないことが見て取れると思います。

Apertureをコマンド+オプション押しながら起動して、各種修理を施したり、「マスターから再処理」などを行う事で修復できるかもしれません。